과달루페 사원에는 멕시코의 국가적인 상징인 과달루페 성모가 모셔져있다. 이 성모는 검은 머리, 갈색의 피부를 가지고 있어서 캐톨릭의 성모중에서도 이색적인 존재다. 신앙심이 깊은 멕시코의 대중, 특히 가난한 인디오 계층에게 압도적인 지지를 받고 있다. 슬행참배라 하여 특별한 소원을 비는 사람이 포석이 깔려있는 경내의 계단까지 줄곧 무릎으로 나아가는데 무릎이 헤어져서 피가 흐르는 통증을 참으면서 갓 태어난 아기를 팔에 안고 열심히 나아가는 어머니의 모습도 보인다.

이 사원은 과달루페 성모의 기적으로도 유명하다. 스페인이 아즈테카 제국을 정복한지 10년이 지난 1531년 12월9일 떼뻬약의 언덕을 지나가던 인디오 후안 디에고앞에 빛나는 갈색의 피부를 가진 성모가 나타나 교회당을 지으라는 계시를 내린다. 디에고는 사제앞에 달려가 신부들이 보는 앞에서 장미를 싼 망토를 펼쳐보였는데 금은의 빛과 함께 망토위에 갈색피부의 성모그림이 떠올랐다고 한다.

사제는 이 신대륙에도 수호 성모가 나타났다고 기뻐하면서 떼뻬약의 언덕에 성모를 모시는 사원을 건립했다. 이것이 과달루페의 기적과 사원의 기원이다.